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网络药理学怎么玩得转?最新高分论文的套路复现在这!
发布时间:2022-06-27 08:34:07 来源:艾尚体育官网 作者:艾尚体育登录
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  这篇白芍治疗类风湿性关节炎(RA)也是采用了经典网络药理学文章套路。其基本套路如下:

  所以从上面的步骤中,我们看出整篇论文不涉及实验过程,纯数据挖掘。接下来我们来看一下具体的内容:

  首先在TCMSP搜索白芍,并收集相关化学成分。接着利用OB和DL值筛选出有效化学成分。一共收集到活性成分13个(如表1)。

  利用收集到的活性成分在TCMSP系统查找相应的靶点,共79个。所得靶点在Uniprot数据库中转换为相应的基因型。

  在Genecards和OMIM数据库中查找RA基因,删除重复基因后,得总基因。

  利用Veeny 2.1网站画出韦恩图,并得到交集靶点49个(图2A和表2)。

  利用Cytoscape软件构建“化合物-靶点-疾病”的网络,并利用拓扑网络筛选出核心化合物和重要靶点(图3和表3)

  生物学分析主要是GO分析和KEGG分析。本研究中利用R软件“clusterprofile”等语言包对交集靶点进行生物性分析,得到79个生物学功能(图4, 18个最显著生物功能)和50个信号通路(图5, 20个最显著信号通路)

  TNF-α与丁子香萜, DPHCD, (+)-儿茶素,β-谷甾醇,芍药苷,谷甾醇和山奈酚等活性化合物进行分子对接,计算化合物与TNF-α结合能大小(表4),以其大小作为两者之间结合的强弱。图片7显示的是各化合物与TNF-α结合的空间构想。

  从上面这篇高分SCI论文过程,我们不难看出,只要我们学习了网络药理学和分子对接技术相关实操,要实现这样一篇实验数据是非常容易的。

  所以我们团队特别推出全新《基于网络药理学技术的基础理论和实操研讨班》,普及网络药理学技术的基础知识和常见问题,总结其在现有文章和项目中申请的进展,介绍各个常用数据库及使用技巧,分析网络药理学+组学/生物信息学应用方法。让你零基础入门网络药理学,了解基础知识,掌握多个数据库和多种联合应用方法,使你的科研之路少走弯路,让你可以利用有限的经费资源和时间资源转化成更优质的成果!

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